Le pelage du jaguar est généralement jaune tacheté, mais peut aller du brun au noir. L'animal est couvert de rosettes de camouflage pour la jungle, son habitat. Les taches varient sur l'individu même et entre les individus : les rosettes peuvent inclurent un ou plusieurs points, et la forme des points varie. Les taches sur la tête, du cou et de la queue sont généralement bien distinctes des autres taches,

mais sur le corps, celles-ci « fusionnent » parfois pour former une bande.

Le dessous de l'animal, la gorge et la surface extérieure de la jambe et le bas des flancs sont blanc^.

Les formes mélaniques (plus ou moins noires) du Jaguar sont peu communes

Les formes mélaniques existent dans l'espèce. La forme mélanique avancée touche environ six pour cent de la population, et est donc moins courante que la forme plus tachetée signalée sur les jaguars d'Amérique du Sud, et est le résultat d'un allèle dominant

Les jaguars avec la forme mélanique avancée semblent entièrement noirs, mais leurs taches sont encore visibles si l'on regarde attentivement. Les jaguars touchés par le mélanisme profond sont officieusement connu sous le nom de « panthères noires », mais ne forment pas une espèce distincte. Les individus touché par l'albinisme, parfois appelé « panthères blanches », sont rares mais existent chez les jaguars, comme chez les autres grands félins^.